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MIT开发能进行逻辑操作的可存储基因模块:让活细胞像计算机一样执行命令
来源:《自然》 | 作者:常丽君 | 2013/3/13 15:17:56 | 浏览:1291 | 评论:1
  摘要:美国麻省理工大学(MIT)科学家开发出一套简单的基因模块,能对输入信号起反应,在活细胞中执行逻辑命令,就像计算机中所用的布尔逻辑门。执行计算的每个变量都包含启动子、终结子和一个“输出基因”,启动子和终结子能打开或中止基因转录,输出基因则编码一个绿色荧光蛋白(GFP)。

  据《自然》网站近日报道,美国麻省理工大学(MIT)科学家开发出一套简单的基因模块,能对输入信号起反应,在活细胞中执行逻辑命令,就像计算机中所用的布尔逻辑门。研究人员指出,利用这些“基因线路”能追查一个细胞在何时到达其生命关键时刻,拨动基因开关改变细胞命运。相关论文发表在《自然·生物技术》杂志上。

  逻辑与存储是电子线路的两大基本功能,由此才产生了各种复杂的反应。合成生物学旨在把电子工程中的概念引入到细胞生物学中,把基因功能作为电路组件。新研究由MIT合成生物学家蒂莫西·卢领导,他们开发的逻辑模块以质粒为基础,这里的质粒是一种环形的DNA链,将其插入大肠杆菌细胞中。并利用重组酶,将合成基因线路有效地组装起来,不仅能执行布尔逻辑功能,还具有稳定的DNA编码存储功能。他们设计了16种质粒,在计算中能执行所有2-输入-1-输出的布尔逻辑门。

  执行计算的每个变量都包含启动子、终结子和一个“输出基因”,启动子和终结子能打开或中止基因转录,输出基因则编码一个绿色荧光蛋白(GFP)。系统的关键是利用重组酶切断并重排启动子和终结子DNA序列,让它们打开或关闭。重组酶好比输入命令,决定了输出基因能否被转录。比如在电子的“与”门中,给两个输入点通电会输出一个正值;而在基因“与”门中,只有当终结子序列在中间,并且启动子序列被两个输入重组酶中和时,输出基因才会被转录而表达出一个绿色荧光蛋白。

  在以往研究中,人们也曾利用重组酶将数据写入DNA以便存储,而新研究将这种理念更推进了一步,使DNA本身成为计算机的一部分。卢说,如果经过修改的DNA可作为调控元素,像启动子序列或终结子序列那样,就能控制细胞里的某些事情。

  另一位MIT合成生物学家克里斯托弗·沃伊特说,这种人造模块是一种“极其数字化且永久性的DNA信息存储方式。它的逻辑能存储多重经验,如细胞曾遇到两种环境会记住事件顺序。”而且这种改变是永久性的,“在细胞死亡后,这些信息还能从它的DNA中提取出来。”研究人员还发现,改变了的质粒能代代相传,至少能传90代。

  卢还指出,这种方法在生物技术中也非常有用。这些基因开关形式简单易于访问,如生产某种药物,制造商可以培养一种细胞事先关闭其关键基因,当系统一切就绪后,输入某种信号化合物激活这些关键基因,并保持永久性打开,以生产药物。在达到某个临界值时,再用其他开关来中止生产。

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