人体细菌可能因当事人的年纪、饮食、居住地方和整体健康情况，有很大的差异，而哈佛的研究首次探讨这种差异对识别身分的作用。

哈佛生物统计学系研究员傅兰索沙（Eric Franzosa）说：“把人类基因样本与基因‘指纹’样本加以连结，是刑事鉴识基因学的基础。我们显示利用存在人体的微生物的基因序列，也可能形成这种连结，而且完全不需人类基因。”

科学家发现，粪便样本在这方面特别可靠。肠胃细菌存留一年后，仍可用以确定多达86%的人的身分。

皮肤样本则较不可靠。事隔一年后，只能用以比对出大约三分之一的人的身分。

但是，即使不能用以确定当事人身分的样本，也极少出现误判。在大多数情况下，这些样本会明确指出当事人，或没有确定结果，可是极少错误指认。

这项人体微生物研究计画利用电脑运算程式，为120人捐出的粪便、唾液和皮肤样本的身体微生物建立个别识别密码，用以与后续追踪收集的样本和另外一批陌生人的样本进行比对，并显示利用不同数据库做人体微生物样本比对，可以追查出当事人的身分。

但是，研究人员警告说，这种做法也构成道德问题，因为纯粹微生物基因可能造成的资料隐私问题虽然很小，可是人体微生物仍可能在没有当事人的基因或同意下，暴露敏感的私人资料，像是感染性病。