厉有为表示“深圳特区我一个人也不认识啊，一句广东话也不会说，甚至特区是做什么的我都不知道。”但厉有为还是服从组织安排，一周后“稀里糊涂来到了深圳”，担任深圳市委副书记、市人大常委会主任兼深圳市委党校校长。
1990年，深圳已成立特区10年，但当时正处在巨大的争议中。厉有为回忆，当时很多人指责说“深圳姓资不姓社”“深圳就剩下五星红旗挂在那儿，其他都变颜色了”。刚到深圳的厉有为面临巨大的压力，好在1992年邓小平南巡讲话提出“改革开放路线要100年不动摇”，深圳的改革开放得以继续推进。
1993年，十四届三中全会确定了建立社会主义市场经济体制的目标，时任市委书记的厉有为开始探索完善深圳的社会主义市场经济。厉有为还率先在全国进行政府审批制度改革，为建立适应社会主义要求的新型政府进行大胆的探索；此外，厉有为提出建立社会主义市场经济的五大体系和形成市场经济的四大机制（后来完善为市场经济十大体系和五大机制）。
如今，深圳已成为以高新技术产业为支撑的创新型城市，诞生了华为等一大批世界级高科技公司，而这得益于厉有为在任时力推的产业结构调整升级。
在1995年深圳市的党代会上，厉有为提出“二次创业”的想法，力推深圳发展高端服务业、金融业、高新技术产业。他还力排众议拍板在南山划出11.5平方公里的土地，提出“建设世界一流高科技园区”。如今，深圳南山已被称为“中国硅谷”。
改革就是破旧立新，厉有为的改革之路曾遭遇重重阻力和压力。在退休时，他写了一首名为《血路》的诗，记述他以拓荒者姿态投身改革开放的种种心境：风口浪尖弄潮头，改革必伴热血流；血路杀得伤遍体，夕阳染红孺子牛。
这首诗也是深圳改革大潮中的拓荒者的心境。吴南生、梁湘、李灏、厉有为等深圳的拓荒者们，在改革的浪潮中冲破旧体制、探索新体制为深圳发展探路，也为中国从计划经济突围、向市场经济转型探路。他们创造了历史，并成为了历史的一部分，这将被时间铭记。 | 
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