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中科院“人类多层次多人群自然选择数据库”构建完成(MOST)
作者:MOST | 2010/1/16 15:17:49 | 浏览:1878 | 评论:0

  近日,中科院北京基因组研究所程锋等人通过选择目前SNP(单核苷酸多态性)分型数量最大和种群数最多的HapMap(国际人类基因组单体型图计划)分型数据作为研究基础,从基因组大片段,功能基因以及单个SNP位点等三个层次来研究人类不同种群的基因组遗传分化和所受自然选择的情况。根据使用多个不同指标(HET,Win_HET,FST,Win_FST,iHS,ES_HET,ES_FST,P_iHS等)及策略来扫描选择信号,并把它们置于同一个框架下进行比较和验证,以求获得最大信息。研究结果建立了“人类多层次多人群自然选择数据库”暨阳性自然选择数据库SNP@Evolution (http://bighapmap.big.ac.cn)供国内外科研使用,自9月下旬相关文章在BMC Evol Biol发表以来,SNP@Evolution已受到来自全世界几十个国家和地区上万次的访问和下载,为该领域的研究人员提供了一个发现选择信号的有用工具。

  SNP@Evolution共分为数据查询和图形查询界面两部分:包括HapMap II期和III期的数据结果。II期共有3,619,226个SNP数据,以及21,859个基因的分析数据。共有1606个基因组大片段显示选择信号,660个显示分化信号。III期数据共包含1,389,498 SNPs,21,099个有效基因分析数据。在11个人群中找到了10,138个受选择的基因组片段,以及464个具有强分化的基因组片段。为方便研究,SNP@Evolution的查询结果可链接到其他数据库获取更多信息。

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