兩岸學界不斷討論與主張兩岸聯合保釣，也有人認為兩岸已有某種程度的實現了一定程度的聯合保釣行動，但事實並非如此。在島內，只有極少數人主張兩岸聯合保釣，最大的反對勢力民進黨與台聯黨等綠營政治勢力「反中親日」，公開明確反對兩岸聯合保釣; 執政的馬當局也公開多次表示兩岸不會聯合保釣。因此，兩岸聯合保釣仍只是民間部分學者的良好願望。
台灣島內藍綠兩黨及馬當局拒絕兩岸聯合保釣並不意外。因為在現階段，雖然兩岸關係有了重大發展，甚至認為進入「大交流、大合作」階段，或者是「60年來兩岸關係發展最好時期」，兩岸簽署了十八項合作協議，兩岸經貿與人員往來規模龐大，但現實是兩岸在法理上仍屬「敵對狀態?」，政治對立格局沒有任何改變，更沒有和平統一的共同願望。
尤其是台灣當局一直在軍事上將大陸視為台灣的「假想敵」，過去到現在從沒有改變過，其軍事部署與軍事情報活動也主要是針對大陸的。與此同時，台灣與大陸的最大戰略對手美日則是「准同盟關係」。美國不僅有《與台灣關係法》，將公然台灣納入美國的保護體系，而且1996年台海危機之後美日安保條約的「外圍事態法」也公開將台灣納入，讓台灣正式成為美日防禦島鏈的一環。
也就是說，在亞太區域安全戰略中，美日台是戰略同盟關係，也即台日是盟友，是站在同一陣線上，中國大陸則是其共同的對手甚至敵人。多年來兩岸關係的緩和與改善，並沒有改變這一區域結構性的格局，也沒有改變兩岸的軍事敵對與政治對立關係。
多年來，台灣與日本一直存在密切的軍事情報合作，目標重點均是針對中國大陸的。不僅兩蔣時代，因兩岸軍事對峙台日就存在密切的軍事關係，蔣介石還請來日本戰犯訓練台軍。李登輝執政後，因其強烈的親日情結，台日關係發展迅速，台灣開始與日本進行「安全合作」。
民進黨執政後，更加親日，台日軍事與情報交流更加密切，並趨於機制化。2003年1月，日本派專職軍事人員駐進台北的「日台交流協會」，台則派「國安局」中將常駐日本，專責台日情報交流，揭開了台日互派高級軍官加強情報交流的序幕。尤其是每年10月雙方固定在日本舉行儀式「台日軍事情報交流會議」，會期五天。情報交流與合作的重點就是關於中國大陸的軍事情報，其分工則是台灣負責向日本提供解放軍南海艦隊與戰機部署情報，日本則負責向台提供解放軍東海、北海艦隊情報。
儘管目前因日本強行將釣魚島「國有化」引發海峽兩岸與日本的釣魚島爭議，台灣撤回駐日代表，進而推遲台日軍事情報交流會議，但這只是暫時的，風頭過後台日還會繼續推動台日軍事情報交流，台日關係在某種程度上牽制著兩岸關係的發展。
海峽兩岸之間，不論是過去還是現在，從來沒有軍事情報方面的交流與合作，而且因政治對立，雙方的情報戰從沒有停止過，尤其是台灣始終將大陸視為台灣的「最大威脅」，甚至將大陸針對「台獨」的軍事發展視為可能的「武力犯台」，而將美日視為保護台灣安全的依靠與盟友。
就此觀察，在釣魚島爭議問題上，要海峽兩岸聯合保釣，共同對付日本，顯然是不現實的，是一種政治幻想。台灣當局的保釣策略是「爭漁權重於護主權」，「護主權」是虛，「爭漁權」是實，因此才會對兩岸聯合保釣持公開反對立場，也從而給了日本在釣魚島問題上態度日益強硬的信心及要與台灣開展漁權談判、以分化兩岸聯合保釣的可能與機會。
台灣當局指拒絕兩岸聯合保釣，除了台日密切的准同盟關係外，背後還有美國對馬當局的強大壓力。美國表面上雖然樂見兩岸關係和平發展與兩岸良性互動，但在其重返亞太戰略部署下，台灣在美國「以台制華」戰略中的區域地位更加重要，因而進一步強化對台灣的實質控制，幕後對馬施壓反對兩岸簽署和平協議，反對台灣與大陸聯合保釣，這是馬英九高調提出簽署兩岸和平協議又改變立場、放棄簽署和平協議及一再強調不與大陸聯合保釣的關鍵所在。
不僅法如此，亞太地區戰略格局的變化與中國大陸經濟軍事力量的迅速上升，不僅美國、日本強化與台灣既有的軍事情報交流與合作關係，而且菲律賓、印度等周邊地區也積極加強與台灣的軍事情報交流與合作，台灣已成為亞太地區搜集與交流大陸軍事情報的中心。
因此將兩岸聯合保釣問題放在亞太區域安全戰略格局與兩岸關係發展的現實層面觀察就會發現，這只是學者和民眾的美好願望，事實上根本不存在合作的可能性。只要兩岸政治問題不解決，只要兩岸沒有和平統一的共同目標，台灣就會持續投靠美日，並將美日視為台灣的安全保護傘，大陸依然是其「假想敵」，兩岸就難以進行聯合保釣。對此，我們必須要有清醒的認識。