據了解，彰化檢方偵辦教授涉嫌詐領專案研究費案，涉案教授多達100多人，檢方採分批結案，這15名教授及30名助理是第一波。被起訴的教授和助理幾乎都坦承：「為方便專案研究能順利進行，在核銷開支上有些便宜行事」，但所有的經費都實際購買研究所需器材和耗材，絕無挪用在私人用途。但檢方認為無法證明所言，均依貪汙治罪條例及偽造文書罪起訴。

教授以不實單據核銷研究費陋習由來已久，幾乎已成學界公開「秘密」。檢方表示，一次查出涉案教授多達上百人也很「訝異」，只要法令許可，檢方原則採「從寬、從輕」處理。

襄閱主任檢察官黃智勇說，大學教授所涉的弊情，幾乎都是向廠商拿不實的發票核銷專案研究經費，金額從幾萬到50多萬元；檢察官依個案衡量涉案情節輕重，作成起訴或不起訴；這波結案的教授，有三名因單據核銷明確獲不起訴。

國科會副主任委員孫以瀚說，國科會已經放寬經費流用規定，現在只能「希望司法通融」，擔心將會影響人才返台服務意願。

孫以瀚指出，浮報、虛報研究經費有兩種：一種是用研究經費中飽私囊，這是「不可以也不值得同情」；另一種則是都用在研究上，但報帳、核銷的名實不副，這種狀況「於法不合，但可以同情」。

孫以瀚認為，這些被起訴者的行為都是在修改規定前發生，希望法律上能有解套方法。如果用貪汙治罪條例「對付」這些大學教師，不符比例原則。孫以瀚也說，國科會最近很努力留才、攬才，此事一出將讓國科會的努力完全瓦解，以後也沒人敢回台灣服務。

蒋伟宁翁启惠朱敬一联合声明：勿以贪污办教授（台湾《联合晚报》）

十多名台湾大学教授以不实发票报帐，遭检察机关以贪污罪起诉，引起学术界震撼。台湾“中研院长”翁启惠、教育部门负责人蒋伟宁、“国科会主委”朱敬一5日紧急会商后，下午将发表共同声明，呼吁检方不要以贪污罪，追溯没有把研究费放进自己口袋的教授。

　　朱敬一今（6）日上午提出三点呼吁，强调：一、会聘律师对单纯品项不符教授，提供法律协助、二、根据“科技基本法”第6条最后一项，科研采购不适用相关采购法，检察官依法侦办时，不以贪污罪追溯。三、希望司法机关多了解学术研究本质，让学术与公务分轨。

　　“中研院长”翁启惠表示，他5日与蒋伟宁、朱敬一会面讨论后达成共识，认为应该将“公款私用”与“公款公用”做区分，希望公款公用的部分检调能从轻发落，并尽快与行政机构负责人陈冲会面，针对制度面进行总检讨，让研究经费使用可以更具弹性。

　　朱敬一举例，嘉义大学教授余哲仁教授，2011年因为一件100多万元新台币的建教合作案，被“最高法院”判刑定谳。但在学界看来，余哲仁如果直接拿厂商给的建教合作费买仪器，可能什么事都没有。但他正因为守法，把建教合作案经费纳入嘉义大学校务基金再请款，中间因为报帐程序太复杂“买A报B”，最后落得被判刑入狱。

　　朱敬一强调，法官判案有一定的专业和考量，但是余哲仁教授的判例，从判决书中，看不出有任何一毛钱人了他的口袋。