日本学士院（The Japan Academy）是日本最高的学术机构，位于东京都台东区的上野恩赐公园内。1879年1月15日，在著名思想家福泽谕吉的倡导下，日本仿照法兰西科学院成立了东京学士院。1906年东京学士院改称帝国学士院。1947年改名为日本学士院，并作为日本科学委员会的附属机构。1956年，依据日本政府颁布的《日本学士院法（The Japan Academy Law）》，日本学士院恢复其独立身份，成为文部科学省的一个特设机构。其宗旨（Aim）主要有两条：特殊优待取得突出学术成就的杰出科学家；开展有益于追求学术进步的必要活动。

　　日本学士院由“会员（Members）”组成，会员为终身荣誉。会员实行定员制，最初1879年东京学士院定员为40人，1906年帝国学士院定员为60人，1925年又扩展至100人，1949年日本学士院定员为150人，此额度后被写入1956年的《日本学士院法》，至今未曾变更。会员根据所属专业不同分为两个学部：人文与社会科学部（Humanities and Social Sciences），定员为70人；纯科学及其应用学部（Pure Sciences and Their Applications），定员为80人。两个学部下面的分学部也进行了定员，由于遵循“宁缺毋滥”的原则，通常会出现缺员的现象。日本学士院现只有137位，缺13人名额。

　　日本学士院各学科会员名额分配情况：

　　第1部 - 人文科学・社会科学部门

　　第1分科 - 文学・史学・哲学・人类学・语言学・宗教学（定额30）

　　第2分科 - 法学・政治学（定额24）

　　第3分科 - 经济学・商学（定额16）

　　第2部 - 自然科学部门

　　第4分科 - 理学（天文学・物理学・数学・地球科学・化学・生物学・矿物学）（定额31）

　　第5分科 - 工学（定额17）

　　第6分科 - 农学（定额12）

　　第7分科 - 医学・药学・齿学（定额20）

　　会员由日本学士院根据章程从取得杰出成就的学者中选举产生，为终身制，并以兼职国家公务员的身份获取会员年金（Annuity）。会员身份既象征着国家层面的认可和荣誉，也意味着追求学术进步的责任和义务。《学士院法》明确规定，会员必须在总会上提交或介绍自己的学术论文。

　　日本学士院还为对日本学术做出杰出贡献的外籍人士授予客座会员称号（Honorary Members），同样采取定员制，满员为30人，我国的杨振宁院士是纯科学及其应用学部的现任客座会员，已故的季羡林先生曾经是人文与社会科学部的客座会员。

　　日本学士院的运行经费来自政府财政拨款，2011年的年度预算接近5.97亿日元。日本学士院有自主管理权，实行“会员治院”，其正院长（the President）、副院长（the Vice President）和两个学部的主席（the Chairmen of Sections）均由会员选出，院长经总会同意，可为学士院制定内部管理法规。学士院设有秘书处（Executive Secretary），秘书处职员定员为11人，秘书处处长在院长和其他官员的指导下管理学士院日常事务，秘书处职员在上司的指导下参与事务管理。日本学士院的重要事宜是以会议的形式商议和决定的，总会（General Meetings）负责学士院重要事宜的商议和决定，学部会（Sectional Meetings）负责各自学部重要事宜的商议。

　　日本学士院通过举办各种学术活动（Activities），为会员提供服务并促进科学技术发展：1.对学术上特别优秀的论文、著作及其他研究业绩授奖（Awarding Prizes）；2.编辑和出版学士院学刊（Transactions）和纪要（Proceedings），并发表会员或由会员介绍的论文；3.实施适宜于学士院执行的鼓励学术研究的其他活动，如国际交流、公众演讲和研究经费补贴等。

　　日本学士院所颁发的个人奖主要有帝国奖（Imperial Prize）、日本学士院奖（Japan Academy Prize）和爱丁堡公爵奖（Duke of Edinburgh Prize），前两者每年颁发一次，用于表彰取得卓越研究成就或发表特别杰出学术论文或著作的个人，至今已分别有179人和801人获奖，后者则每两年颁发一次，用于表彰在野生动植物保护和物种保护方面取得成就的个人，至今已有16人获奖。为了肯定年轻学者的工作、鼓励他们勇攀学术高峰，日本科学院于2004年起从日本科学促进会主办的JSPS奖年度获奖者当中遴选出6个以内的优秀者授予日本科学院勋章（Japan Academy Medal），至今已有80人获奖。