1.蛋白互作网络

STRING数据库，全称为Search Tool for Recurring Instances of Neighbouring Genes，可用于蛋白相互作用分析（Protein-protein interaction, PPI），使用String可构建互作网络。

详细教程链接：
《如何进行基因、蛋白互作网络分析？》

2.共发生网络图

除了社交网络分析，在自然科学领域，特别是微生物生态学相关的科研人员，通常使用igraph包和Gephi做微生物群落的共发生网络分析（Co-occurrence network analysis）。

详细教程链接：
《如何绘制漂亮的网络图？》

3.环状排序网络图

使用STRING数据库完成蛋白互作网络的构建后，用Cytoscape软件打开，只需通过Layout菜单下Attribute Circle Layout的Degree属性进行布局，如下，即可得到排序后的环状网络。

详细教程链接：
《如何构建排序的环状蛋白互作网络图？》

4.转录因子互作网络

得到Hub基因后，接下来可以使用Network Analyst进行转录因子的预测和互作网络的构建。

工具的链接：
https://www.networkanalyst.ca/
详细教程链接：
《如何预测转录因子并构建互作网络？》

5.细胞通讯网络图

细胞通讯网络图数据的整理很简单，source、target列分别对应不同的细胞亚群，count列对应亚群之间显著富集的配受体对数目，然后另存为表格文件，然后导入Cytoscape进行可视化即可。

详细教程链接：
《如何绘制好看的细胞通讯网络图？》

6.环状ceRNA网络图

环状网络绘制方法其实比较简单，除了使用Cytoscape软件，使用ggraph包可实现网络图的绘制。

详细教程链接：
《网络图画成这样，是什么水平？》

7.网络韦恩图

网络韦恩图，用以展示不同分组之间共有或特有的基因，特别是当分组元素数量较少时，数据展示效果更加直观。

详细教程链接：
《如何绘制各种高颜值的网络韦恩图？》

8. 圈圈网络图

通过Cytoscape软件的Layout Tools，可修改选中节点的布局（Layout），比如对网络图进行缩放（节点大小不变）、旋转以及对选中的节点进行对齐、均匀分布、堆叠等。按住Ctrl键框选节点，将其调整成环形，如下。

详细教程链接：
《如何绘制蛋白互作“圈圈”网络图？》

9.相关性网络热图

R包aPEAR可直接解析clusterProfiler包的富集分析结果，分析通路的基因列表、检测冗余重叠基因集群并绘制网络图，效果如下。

详细教程链接：
《如何绘制功能富集网络图？》

10.相关性网络热图

网络热图，应用于多组学关联分析，可展示组学内（热图）和组学间（网络图）的相关性结果。

工具链接：
https://www.omicshare.com/tools
详细教程链接：
《推荐一个绘制Science网络热图的在线工具》